Benediktinski samostan Sv. Margarite od samog početka predstavljao je jednu od bitnih odrednica njegova urbanog rastera. U dvorištu je sačuvana kruna zdenca iz 1353. godine koja je donesena iz Staroga Grada. Također, u samostanskoj zbirci izložene su brojne vrijedne umjetnine poput četiri drvena gotička kipa, kasnogotičko raspelo, relikvijar Sv. Trna, relikvijar Sv. Klare u obliku ruke, slika Bogorodice s Djetetom koja je dovedena u vezu s Andreom Mantegnom, minijatura s prikazom Svete Obitelji, što je rad Franza von Defreggera, te slika Scena lova sa sokolovima / Legenda o lovu kneza Hrvata, potpisana od poznatog hrvatskog slikara Bele Čikoša Sesije.